Die Ruysch'sche Sammlung ist heute auf zwei Räume der Kunstkammer verteilt. Die Mehrzahl der Präparate befindet sich in einem dreigegliederten Raum im ersten Stock des Gebäudes, dessen thematischen Schwerpunkte zum einen die Ruysch'schen, zum anderen die teratologischen Präparate bilden. Zudem ist in diesem Raum die Schädelsammlung von Baers exponiert.

Wie die Sammlung in den 60er Jahren ausgesehen hat, gibt Gunter Mann wieder, vor allem den guten Zustand der Präparate betonend, um die Mär zu wiederlegen, die Sammlung wäre gar nicht nach Petersburg gekommen, weil die Matrosen des russischen Transportschiffes den Alkohol der Präparate ausgetrunken hätten, eine ähnliche Version machte nach dem 2. Weltkrieg die Runde, als es hieß, Anatomiediener hätten während der deutschen Belagerung Leningrads den Mangel an Alkohol gelindert. Mann meinte allerdings, dass von den barocken Drapierungen und Arrangements nicht mehr viel übriggeblieben wäre. Ginzburg, damaliger Kurator der Sammlung, war allerdings zuvorkommend und öffnete die Schränke, so dass G. Mann die Präparate abfotografieren konnte.

Bis zur Renovierung 1998 blieb die Sammlung auch in diesem Zustand erhalten. Nach der Renovierung wurde in dem Raum des alten anatomischen Theaters, welcher sich unter dem Turm des Gebäudes befindet, ein Schwerpunkt auf die Sammlungen Peters gelegt, so dass sich hier nun ein Bruchteil der Präparate Ruyschs wie auch teratologische Präparate befinden. In diesem Raum befindet sich zudem die Zähnesammlung Peters, sein Operationswerkzeug, und auch der Stumpf des Baumes, welcher Peter zur Ortswahl des Gebäudes angeregt hatte.

Im oberen Raum, welcher nicht so frisch renoviert wie der Rundsaal wirkt, liegt nun der Schwerpunkt wirklich bei Ruysch. War bei den Ruysch'schen Objekten der moralische Aspekt schon durch den Schöpfer angelegt, so ist Frau Radzun, der heutigen Kuratorin der anatomischen Sammlung in der Kunstkammer, der große Verdienst zuzuschreiben, diesen moralischen Aspekt auch für die teratologische Sammlung berücksichtigt zu haben. Sie unterscheidet zwischen prinzipiell lebensfähigen und lebensunfähigen Föten. Bei den lebensfähigen Präparaten hat sie Fotografien von geschichtlich lebenden Menschen mit abweichender Anatomie - z.B. siamesische Zwillinge - beigestellt. Zu diesen Fotografien sind zudem die Lebengeschichten der Abgebildeten abgedruckt (leider nur auf kyrillisch). Kulturwissenschaftlich ist ihre Einbindung von Nixen und Zyklopen in den mythologischen Kontext, der um sie gewebt wurde, zu nennen. Es ist dieser barocke Charme, der diese Sammlung von anderen anatomischen (und pathologischen) Sammlungen abhebt.