Bis 1714 wurde die anatomische Sammlung Peters (nicht die Ruysche, die sich zu diesem Zeitpunkt noch in den Niederlanden befand) in Moskau in der Aptekarsi Prikaz, dem Vorläufer des Medizinalkollegs, aufbewahrt. Mit der Gründung Petersburgs 1703 und der Verlegung der Hofstadt ebendorthin war es nur eine Frage der Zeit, bis die verschiedenen Sammlungen Peters, sowie seine Bibliothek, auch gen Norden verlagert werden sollten. Das Jahr 1714, in welchem die Sammlungen in den Sommerpalast Peters gebracht wurden, gilt als das Gründungsjahr der Kunstkammer, des ersten russischen enzyklopädischen Museums.

An der 1718 erfolgten Transaktion der 10 ersten Thesauri nach Russland waren beteiligt: Robert Arskine, Leibarzt Peters wickelte den Kauf ab. Boerhaave koordinierte die Transportlogistik, Laurentius Blumentrost packte aus und nahm die erste Aufstellung im Sommerpalast vor.

Bald wurde die die Sammlung in dem Haus des in Ungnade gefallenen Fürsten Kikin untergebracht. Blumentrost modernisierte die Aufstellung im Stil des Klassizismus, der Vanitas-Gedanke trat in den Hintergrund, vergleichende anatomische Systematik hielt Einzug. Die Sammlung Ruyschs wurde um viele teratologische Präparate aus Peters Sammleraktivitäten ergänzt. Ein Jahr später wurde die Kollektion öffentlich zugänglich gemacht: "Ich will, dass die Menschen schauen und davon lernen", war Peters Motto. Aus diesem aufklärerischen Antrieb heraus verlangte Peter auch kein Eintrittsgeld für die Kollektion, Gruppen wurden sogar mit Kaffee, Wein oder Wodka verköstigt. Die Ausstellung zog viele Besucher aus Westeuropa an.

Es zeigte sich schnell, dass das Kikin-Haus zu klein für die Sammlung war. 1718 wurde der Grundstein für einen Neubau für die Kollektionen auf der Wassiliewski-Insel gelegt, dort, wo Peter das Zentrum seiner Stadt sehen wollte, dort, wo er bei einem Spaziergang einen seltsam geformten Baum erblickte. Er konnte die Eröffnung des neuen Gebäudes am 25.11.1728 nicht mehr miterleben, starb er doch am 28.1.1725. Der hochbejahrte Ruysch überlebte seinen Lehrling noch um 6 Jahre!

Bis zum Brand in der Kunstkammer 1747 blieb die Kollektion in dem neu errichteten Haus an der Newa, der dem Brand nicht zum Opfer gefallene Rest der anatomischen Präparate wurde während der Restaurierung des Gebäudes, welche bis 1766 abgeschlossen wurde, an verschiedenen Orten zwischengelagert.

Alexander I. schenkte zwei Stücke der Sammlung der jungen Universität Kazan, ebenso die vollständige Bibliothek des ehemaligen Präsidenten der Petersburger Medico-Chirurgischen Fakultät und Schöpfers der Medizinischen Polizei, Johann Peter Frank. Die zwei Präparate sind inzwischen wieder in Petersburg in der Kunstkammer ausgestellt.